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Windows kennt vor allem folgende Dateisysteme:
– CDFS (CD-ROM File System) ist ein einfaches Read-Only-Format für CDROMs. Windows implementiert den ISO-9660-Standard. Die Länge von Verzeichnis- und Dateinamen ist auf 31 Zeichen begrenzt. Es wird nicht zwischen Groß- und Kleinschreibung bei Datei- und Verzeichnisnamen unterschieden. Die Hierarchie der Verzeichnisse ist auf acht Ebenen limitiert. Dieses Format ist aber schon veraltet.

– UDF (Universal Disk Format) ist ISO-13346-konform. Es ersetzt CDFS und ist in der DVD-Spezifikation enthalten. Es unterstützt maximale Dateinamenlängen von 255 Zeichen, eine maximale Pfadlänge von 1023 Zeichen und Groß- und Kleinschreibung bei Datei- und Verzeichnisnamen.

– FAT-16 (FAT = File Allocation Table) ist das alte MS-DOS-Dateisystem und nutzt 16-Bit-Plattenadressen.
– FAT-32 ist ebenfalls ein altes Dateisystem und nutzt 32-Bit-Plattenadressen.
– NTFS (NT Filesystem) ist ein modernes, hierarchisches Dateisystem. NTFS nutzt 64-Bit-Plattenadressen.