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Insbesondere beim schwerem Schub und
therapierefraktären Verläufen sollte eine intestinale Infektion
ausgeschlossen werden. Hierbei handelt es sich um das Standardspektrum darmpathogener Keime (E. coli, Campylobacter, Yersinia, Salmonella, Shigella). Insbesondere nach Antibiotikaeinnahme sollte auch auf Clostridium difficile getestet werden.
Eine CMV-Colitis scheint beim Morbus Crohn seltener
vorzukommen als bei der Colitis ulcerosa, stellt aber
bei steroidrefraktärem Verlauf eine wichtige Komplikation dar.
Zur Diagnostik gehört die immunhistochemische Aufarbeitung der Biopsie, der Antigennachweis im Blut und die PCR aus Blut oder Biopsie.