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1. Die Theorie wurde anhand der Methode der Kritischen Ereignisse erstellt, deren Validität fragwürdig ist. Mechanismen zum Schutz des Selbstwerts (Ich-Abwehr-Mechanismen) könnten die Zwei-Faktoren Theorie bedingen: Es ist leichter die Ursachen der Unzufriedenheit anderen als sich selbst in die Schuhe zu schieben, und es ist angenehm die Gründe für Zufriedenheit bei sich selbst zu suchen.
2. Auch die Reliabilität der Methode ist fraglich. Die Auswertungskategorien der kritischen Ereignisse überlappen, und die Zuordnung von Faktoren in die Kategorien der Motivatoren und Hygienefaktoren ist oft willkürlich.
3. Die Theorie gilt als Theorie der Arbeitsmotivation. Die Teilnehmer wurden allerdings nach (kritischen) Situationen befragt, in denen es ihnen gut/ schlecht gegangen sei - damit können keine Aussagen über die Arbeitszufriedenheit gewonnen werden, weniger über die menschliche Motivation.
4. Es fand keine generelle Erhebung der Arbeitszufriedenheit statt. Es wurden nur einzelne Aspekte der Arbeit befragt, dadurch können keine Aussagen über die generelle Arbeitszufriedenheit gemacht werden.
5. Bekannte Forschungsarbeiten anderer Wissenschaftler wurden ignoriert: Situationsmerkmale etwa wurden nicht miteinbezogen.
6. Die Beziehung zwischen Arbeitszufriedenheit und Leistung ist komplexer als von den Autoren beschrieben.
7. Gruppenarbeit als Motivationsfaktor wird ungenügend miteinbezogen, da Beziehungen den Hygienefaktoren zugerechnet werden.

Trotzdem hat die Theorie viele fruchtbare weitere Entwicklungen angeregt: Wichtige Forschungsarbeiten zur Arbeitsmotivation, wie etwa Hackman und Oldhams „Job Charakterics Model“.