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Die Erforschung der Phylogenese erfolgt insbesondere durch:

- Auswertung von strukturellen (morphologischen) und anatomischen Merkmalen von Fossilien

- Vergleich der Merkmale rezenter Lebewesen

- Vergleich der Onotgenese vorwiegend rezenter Lebewesen

- Analyse der DNA beispielsweise durch Sequenzanalyse und molekular-phylogenetische Methoden.

Aus diesen Daten kann dann ein phylogenetischer Baum erstellt werden, der die vermuteten
Verwandtschaftsverhältnisse darstellt.