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Die Salmonellen-Gastroenteritis ist eine invasive Gastroenteritis, d.h. die Erreger dringen nach Adhäsion in dieMukosazellen des Dünndarms ein und gelangen in die Lamina propria, wo sie von Makrophagen aufgenommen werden. Durch die Kombination aus Mukosaschädigung und Chemotaxis von Entzündungszellen entsteht so eine ausgeprägte Entzündungsreaktion.

Aus der Lamina propria können sich Salmonellen in den Blutkreislauf einschleusen und so zu systemischen Infektionserscheinungen führen (s.u.).