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Größerer Nachteil nicht-parametrischer Verfahren:
Nicht jeder parametrische Test hat eine nicht-parametrische Entsprechung
Multivariate (mehr als eine AV) und multifaktorielle Designs (mehr als eine UV) häufig nicht nicht-parametrisch testbar.

In der Praxis:

• Transformation der Daten, damit Verteilungsannahmen eher zutreffen (Log-/Wurzel-/Power-Transformationen, Box-Cox-Transformationen)
• Verwendung parametrischer Methoden, die nicht Normalverteilung oder Varianzhomogenität benötigen (z.B. linear mixed models, generalized mixed models)

Weiterer Nachteil nicht-parametrischer Verfahren:

• Effektstärken undefiniert
• p-Werte müssen (bei händischer Berechnung) bei kleinem N aus Tabellen abgelesen werden, da sie auf Permutationen und nicht auf definierten Prüfverteilungen (z.B. t-Verteilung) beruhen

Jedoch weisen die meisten nicht-parametrischen Tests asymptotische Eigenschaften auf

• wenn N genügend groß, folgen Teststatistiken definierten Verteilungen z.B. Standardnormalverteilung, χ2-Verteilung
• Dadurch können Power- und Effektstärkenberechnungen approximativ durchgeführt werden (vgl. Bortz & Lienert, 2008, S. 48f.)